Nachdem Thomas (Dylan O'Brien) dem Labyrinth entkommen ist und die Brandwüste durchquert hat, sind die Abenteuer für ihn und seine Freunde noch längst nicht ausgestanden. Ein Jahr ist vergangen. Inzwischen haben er, Newt (Thomas Brodie-Sangster), Minho (Ki Hong Lee) und Teresa (Kaya Scodelario) so einiges in Erfahrung gebracht. Sie wissen nun, dass sie Teil eines groß angelegten Experiments waren, mit dem die Organisation Wicked ein Heilmittel für die weltweit ausgebrochene Seuche namens Der Brand finden wollte, die Menschen in tollwütige Bestien verwandelt. Thomas gehört zu den wenigen Personen, die gegen den letztendlich tödlich endenden Virus immun sind, und so fällt es nun ihm zu, den Verfall der Menschheit aufzuhalten.

Parapsychologin Elise Rainier (Lin Shaye) wohnt mittlerweile mit den zwei Geisterjägern Specs (Leigh Whannell) und Tucker (Angus Sampson) zusammen. Gemeinsam sind sie die Firma Spectral Sightings, die aufs Austreiben von Dämonen spezialisiert ist, die aus einer Parallelwelt angreifen. Ihr neuester Fall führt das ungleiche Trio in Elises Vergangenheit - in das Haus in New Mexico, wo sie als Kind Schreckliches erlebte und wo nun eine andere Familie in Gefahr ist...