Am Ende des ersten Teils hatten sich Surfer und Bar-Besitzer Fin und seine Ex-Frau April miteinander versöhnt. Nun brechen sie zu einer Reise nach New York auf, um dort ihre alte Highschool-Freundin Skye zu besuchen. Was ein netter Ausflug sein sollte, nimmt bald eine beunruhigende Wende, denn die Ereignisse überschlagen sich erneut. Wiederum legt sich ein bizarrer Wirbelsturm über die Stadt: Es handelt sich um einen Sharknado. Das ungewöhnliche Wettersystem hatte dafür gesorgt, dass der Sturm an der Küste einen Haischwarm aufgesaugt hatte, die nun um die Freiheitsstatue ebenso wie über den Broadway tänzeln. Natürlich lassen sich die Sharknado-Experten dies nicht bieten, sondern gehen sogleich in die Offensive, indem sie dem Sturm mit Kettensägen und selbstgebauten Bomben trotzen.

In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Im Vulkangestein Santa Monicas regt sich ein altertümliches Grauen: Lavaspuckende Riesenspinnen mit einem Außenskelett aus Vulkanglas brechen aus den Felsen hervor und suchen Los Angeles heim. Zu den ersten Leuten, die mit der todbringenden Gefahr konfrontiert werden, zählt auch der abgehalfterte Action-Held Colton West: Nachdem er in den 1990er Jahren noch groß im Geschäft war, jüngst aber nur noch Jobs in albernen Monsterfilmen mit billigen Effekten an Land ziehen konnte, bekommt er durch das Erdbeben und die verheerende Folgen der Katastrophe nun die Gelegenheit, sein Fachwissen in der realen Welt unter Beweis zu stellen. Er lässt nichts unversucht, um den Vormarsch der Monster zu verhindern - ärgerlich nur, dass ihm die Leute die Geschichte aufgrund seines Rufes als ehemaliger Filmstar erst glauben, als es schon zu spät ist...