Litauen während des Zweiten Weltkriegs: Im Alter von zehn Jahren wird der kleine Hannibal Lecter Zeuge, wie seine Eltern bei einem Bombenangriff ums Leben kommen. Hannibal kann sich mit seiner kleinen Schwester Mischa retten, doch die beiden werden von einer Gruppe Söldner aufgespürt, die vor den Russen fliehen und nach einem Versteck suchen. Kälte und Hunger werden größer und Hannibal muss hilflos mit ansehen, wie die brutalen Männer schließlich die kleine Mischa töten und ihre Leiche verspeisen. Hannibal gelingt die Flucht nach Frankreich, wo er Zuflucht bei seiner Tante findet. Er wächst zu einem hoch intelligenten jungen Mann heran mit exzellenten Manieren. Jedoch getrieben von den Alpträumen der Vergangenheit kennt er nur ein Ziel: die Mörder seiner Schwester aufzuspüren und sich auf ebenso grausame Weise an ihnen zu rächen.

Als eine Liste mit den Codenamen verdeckter Top-Agenten zum Verkauf angeboten wird, soll ein Team von Spezialagenten den Verräter auf frischer Tat überführen.Cruise spielt den Geheimagenten Ethan Hunt, der miterleben muss, wie seine Kollegen bei diesem Einsatz zu Tode kommen. Bei einem Treffen mit seinem Kontaktmann der CIA erkennt Hunt, daß hinter der Mission ein perfides Doppelspiel steckt. Als Überlebenden wird ihm die Schuld am Tod seines Teams angehängt. Um seine Unschuld zu beweisen, muß Hunt den wahren Maulwurf finden. Ob auf der Flucht vor Killerkommandos der Regierung, beim Eindringen in den Hochsicherheitstrakt der CIA oder gar am Dach eines Hochgeschwindigkeitszuges festgeklammert, Hunt muß alles daransetzen, seinen Verfolgern stets einen Schritt voraus zu sein und der schrecklichen Wahrheit Schritt für Schritt näher zu kommen...