In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Da sie unter einer starken Form der Agoraphobie leidet, ist es Nina (Gema Calero) nicht möglich, sich unter Menschenmengen zu mischen und im Freien zu bewegen. Um zu einem möglichst normalen Leben zurückzufinden, beschließt sie, gemeinsam mit ihrem Ehemann Tom (Adam Brudnicki) in das abgelegene Haus ihres kürzlich verstorbenen Vaters auf den Florida Keys zu ziehen. Mithilfe ihres Arztes Dr. Murphy (Tony Todd) hofft Nina nun endlich eine Besserung ihrer Lebenssituation herbeiführen zu können. Doch schon bald kommt es auf dem Anwesen zu merkwürdigen Geschehnissen und Nina ist überzeugt, den Geist ihres Vaters gesehen zu haben. Für Nina ist die Lage nicht nur deshalb vertrackt, weil keiner ihrer Geschichte Glauben schenkt, auch scheint Tom ein doppeltes Spiel zu spielen