In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Vor vier Jahren kam der Bruder der jungen Taylor bei einem Aufnahmeritual des studentischen Geheimbunds "The Skulls"? ums Leben. Seither bemüht sich Taylor, ihrem strengen Vater, der selbst Mitglied der Skulls war, den verlorenen Sohn zu ersetzen. Dabei geht sie sogar soweit, selbst die Mitgliedschaft bei den Skulls einzufordern. Als ihr das vom Ordenschef Nathan Lloyd mit der Begründung verwehrt wird, nur Männer könnten beitreten, strengt sie kurzerhand eine Diskriminierungsklage gegen die Skulls an. Doch Taylors Beharrlichkeit hat tödliche Konsequenzen: Sie findet ihren Freund Ethan ermordet in ihrem Zimmer vor, und fingierte Beweise deuten auf sie selbst als Täterin hin - offensichtlich ein Werk der Skulls. Die junge Frau muss schnellstens ihre Unschuld beweisen und den wahren Täter entlarven.