Nach dem Tod des Vizepräsidenten muss dessen Position neu besetzt werden. Der amtierende Präsident der Vereinigten Staaten favorisiert Senatorin Laine Hanson als Nachfolgerin. Als ihre politischen Gegner, angeführt von Kongressmitglied Shelly Runyon, einen Sexskandal aus ihrer Vergangenheit aufdecken, muss sie um den Erhalt ihrer moralischen und politischen Integrität kämpfen.

Jason Bourne und seine Lebensgefährtin Marie leben zurückgezogen in Indien, doch der immer noch unter Amnesie leidende Jason wird jede Nacht von Alpträumen gequält. Als in Berlin zwei Agenten getötet werden, schiebt man ihm die Schuld in die Schuhe. Wieder setzt die CIA Agenten auf Bourne an und er und Marie müssen flüchten. Doch als die CIA-Killer Marie töten dreht Jason den Spieß um...

Um das dunkle Kapitel seiner Vergangenheit endlich auszulöschen, muss Jason Bourne sich dieser stellen. Das Projekt, welches ihn erschuf, wird auch weiterhin illegal fortgesetzt. Bourne macht sich daran, den Mord an seiner Freundin zu rächen. Unterstützt wird er dabei von Nicki, einer ehemaligen Agentin und der CIA-Agentin Landy. Doch auch der CIA-Chef Vosen hat seine Killer schon auf Bourne angesetzt, damit alle Gefahren für die Weiterführung des Projekts beseitigt werden.

Der aufgeweckte kleine Jack wird wie andere Jungen seines Alters von seiner fürsorglichen Mutter geliebt und behütet. Ma wendet viel Zeit für den Fünfjährigen auf, liest ihm vor, spielt mit ihm und verbringt nahezu jeden Augenblick ihres Lebens mit ihrem Sohn. Doch ihr bleibt auch kaum etwas anderes übrig, da das Leben der Familie alles andere als normal ist: Denn die beiden sind in einer winzig kleinen, fensterlosen Hütte eingesperrt. Ma hat ihre Phantasie spielen lassen, um Jack die Wahrheit, dass sie von der Außenwelt abgeschnitten sind, zu verheimlichen und will ihrem Kind um jeden Preis ein erfülltes Leben ermöglichen. Doch irgendwann wird Jack neugierig und die Erklärungen werden brüchig. Gemeinsam beschließen Mutter und Sohn zu fliehen. Doch draußen wartet auf sie etwas ebenso Unbekanntes wie Furchteinflößendes: die reale Welt.

Jason Bourne war nicht alleine: Tatsächlich war er nur einer von vielen Agenten, die beim Treadstone-Programm zu einer willenlosen Tötungsmaschine umprogrammiert wurden. Zu ihnen gehörte auch Aaron Cross, ein Agent, der als verschwunden galt - bis er, wie Bourne, unvermittelt mit gelöschtem Gedächtnis wieder auftaucht und beginnt, Fragen zu stellen. Das sorgt für Panik bei den Verantwortlichen innerhalb des CIA, denn Aaron Cross ist bekannt dafür, noch viel gefährlicher zu sein als Jason Bourne.