Spacecom-Raumfahrt-Ingenieur Roy McBride ist ein glücklich verheirateter, leicht autistischer Einzelgänger, der es nie verwunden hat, dass sein Vater vor 20 Jahren zu einer mysteriösen Mission zum Neptun aufbrach, von der er nie zurückkehrte. Er wollte dort nach intelligentem, außerirdischen Leben suchen und hat dabei mit höchst gefährlichem Material experimentiert. Warum sein Vater nie zurückkehrte und ob er fand, wonach er suchte, möchte Roy nun endlich herausfinden: Er startet selbst in den Weltraum und stößt dabei auf Geheimnisse, die alles, was wir über die menschliche Existenz und unseren Platz im Universum zu wissen glaubten, in Frage stellen - denn die Experimente seines Vaters bedrohen das ganze Solarsystem. Eine "Welle"? ist entstanden, die zu gefährlichen Technikausfällen und Flugzeugabstürzen führt... Roy tritt mutig die Mission an, an deren Ende die Vernichtung der Arbeit seines verehrten Vaters stehen könnte.

Nach dem tragischen Unfalltod seiner geliebten Familie, versucht der Neurowissenschaftler Will Foster alles, um sie zurück ins Leben zu holen. Der brillante Forscher experimentiert schließlich schon lange damit, Teile des Gehirns von Menschen in Roboterkörper zu transferieren. Was eigentlich verwundeten Soldaten helfen sollte, könnte jetzt seine Familie retten. Unterstützt wird er von seinem Kollegen Ed, mit dessen Hilfe ihm sein (illegaler) Plan zu gelingen scheint. Doch bald stellt sich für Will eine schwierige Frage: Er hat nur drei neue Körper für seine tote Frau und ihre gemeinsamen drei Kinder. Er muss also entscheiden, wen er nicht retten wird...

Auf der Raumstation Cloverfield wurde ein Teilbeschleuniger installiert, der eine unerschöpfliche Energiequelle verspricht. Eine Team von Wissenschaftlern soll ihn in Betrieb nehmen. Nach zwei Jahren gelingt kurzzeitig der Start der Maschine. Jedoch geht dabei etwas schief.

Bei einem Überfall wird Riley North schwer verletzt und fällt anschließend ins Koma, ihr Mann und ihre Tochter werden getötet. Als sie aus dem Koma erwacht, ist sie von Vergeltungsdrang getrieben: Sie lässt sich zur Killerin ausbilden, um zehn Jahre nach der Tat Rache an all jenen zu nehmen, die ihr Leben zerstört haben.

In dieser Fortsetzung von "Alien Vs. Predator"? wird der Kampf der Ausserirdischen mitten in einer amerikanischen Kleinstadt ausgetragen. In den Hügeln von Colorado stürzt das Erkundungsschiff eines Predators ab, wobei Alien-Facehugger freigesetzt werden. Doch auch eine noch gefährlichere Kreatur tritt in Erscheinung: Ein Hybrid aus einem Alien und einem Predator. Selbst die herbeigerufene Nationalgarde sieht nur noch einen Ausweg: Die Auslöschung der Stadt mit einer nuklearen Bombe! Die unbedarften Bürger müssen sich gegen die übermächtigen Gegner verbünden, um wenigstens eine kleine Überlebenschance zu haben.