In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Der Medizinstudent Clark Stevens beginnt im Rahmen seines Studiums mit einem Praktikum in der "Cunningham Hall", einer heruntergekommenen psychiatrischen Klinik, die mit strenger Hand vom sonderbaren Dr. Frank geleitet wird. Kurz nachdem Clark seine Arbeit in der Klinik aufgenommen hat, beginnen sich dort merkwürdige Dinge zu ereignen und er wird von alptraumhaften Visionen geplagt. Als zwei Angestellte der Anstalt brutal ermordet werden und sich seine Visionen noch verschlimmern, beginnt Clark gemeinsam mit seiner Kollegin Sara den mysteriösen Vorfällen nachzugehen. Der einzige, der mehr über die schrecklichen Ereignisse zu wissen scheint, ist ein Patient, der im Kellertrakt für die besonders schweren Fälle der Klinik untergebracht ist...