In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Eine mysteriöse Flotte taucht auf und beginnt die Erde zu attackieren. Der Eindringling ist unbekannt und sehr stark. Die einzige Hoffnung der Menschheit ist die Crew der USS Iowa - unter der Leitung von Captain Winston und General McKraken. Denn das Schiff ist nach der Erstattacke der Fremden das letzte amerikanische Kriegsschiff, das es noch mit den schier unbesiegbaren Streitmächten aufnehmen kann. Die Zukunft der Menschen liegt in ihrer Hand.