Nach einem tragischen Flugzeugunglück, bei dem seine Frau und seine zwei kleinen Töchter ums Leben kamen, leidet Paul Kane unter schweren Kopfverletzungen und einer teilweisen Amnesie. Der Agent, der für den US Geheimdienst in London arbeitet, kann sich nur bruchstückhaft an die Umstände des Absturzes erinnern. Und auch in sein altes Leben findet er sich erst nach und nach wieder ein. Die englische Psychologin Harriet Fellows hilft Paul dabei, sein Gedächtnis schrittweise wiederzuerlangen, und schon bald scheint sich eine Freundschaft zwischen den beiden zu entwickeln. Nach einiger Zeit fühlt sich Kane wieder bereit, seinen Dienst anzutreten. Sein erster Auftrag führt ihn nach Amsterdam, wo er einen Politiker während eines feierlichen Banketts erschießen soll...

2065: Nach dem Einschlag eines Meteors überschwemmen bösartige Aliens die Erde. Die Wissenschaftlerin Dr. Aki Ross birgt die letzte Hoffnung für die Menschheit. Unterstützt durch ihren Mentor Dr. Sid und die Soldatentruppe "Deep Eyes", unter Führung von Captain Gray Edwards, kämpft Dr. Ross nicht nur gegen die Aliens, sondern auch gegen General Hein, der auf eigene Faust versucht die Welt vor dem Untergang zu bewahren ...