Topmanager Étienne hat Großes vor sich: Der Posten des Chefs wird frei werden und er ist der beste Anwärter darauf. Zum finanziellen kommt auch das private Glück, ist er doch mit der hübschen Clémence liiert. Allerdings gibt es da gewisse Geheimnisse aus seiner Vergangenheit, die urplötzlich ans Tageslicht zu geraten drohen. Und dann ist da auch noch ein seltsamer Freund aus Étienne's Jugendzeit, mit dessen Auftauchen der Alptraum erst beginnt ...

Bei einem Einsatz des IMF im Kreml kommt es zu einem folgenschweren Zwischenfall: IMF-Anführer Ethan Hunt wird Zeuge eines verheerenden Bombenattentats, das der IMF in die Schuhe geschoben wird. Die Regierung verleugnet die Elite-Abteilung und initiiert das Phantom-Protokoll, ihr einziger Kontakt zur Kommandostruktur wird ermordet. Mit seinen Leuten geht Ethan in den Untergrund, um auf eigene Faust den Drahtzieher zu stellen. Die Spur führt nach Dubai, wo sie dem undurchschaubaren Hendricks auf die Schliche kommen.