Am Ende des ersten Teils hatten sich Surfer und Bar-Besitzer Fin und seine Ex-Frau April miteinander versöhnt. Nun brechen sie zu einer Reise nach New York auf, um dort ihre alte Highschool-Freundin Skye zu besuchen. Was ein netter Ausflug sein sollte, nimmt bald eine beunruhigende Wende, denn die Ereignisse überschlagen sich erneut. Wiederum legt sich ein bizarrer Wirbelsturm über die Stadt: Es handelt sich um einen Sharknado. Das ungewöhnliche Wettersystem hatte dafür gesorgt, dass der Sturm an der Küste einen Haischwarm aufgesaugt hatte, die nun um die Freiheitsstatue ebenso wie über den Broadway tänzeln. Natürlich lassen sich die Sharknado-Experten dies nicht bieten, sondern gehen sogleich in die Offensive, indem sie dem Sturm mit Kettensägen und selbstgebauten Bomben trotzen.

Ein hochmodernes Düsenverkehrsflugzeug wird von Terroristen entführt. Als die US-Präsidentin Franklin davon erfährt, stellt sich heraus, dass ihr Bruder Joe Franklin als Pilot dise Maschine fliegt. Die Präsidentin sieht sich plötzlich mit einer unmenschlichen Situation konfrontiert: Lässt Sie das Flugzeug kontrolliert abschießen, um die Sicherheit der USA zu gewährleisten oder versucht sie eine andere, möglicherweise viel riskantere Lösung zu finden, damit ihr Bruder die Situation eventuell unbeschadet übersteht. Wie weit kann die Secret Service Agentin Gina Vitale, die ebenfalls als Passagierin an Bord ist, ihr bei dieser Entscheidung behilflich sein?