Der russische Kommandant Ramius setzt sich samt Mannschaft mit seinem dank neuer Antriebssysteme nahezu unortbaren Atom-U-Boot "Roter Oktober" in Richtung Westen ab. Einem US-U-Boot gelingt es, die "Roter Oktober" zu orten. Der Krisenstab befürchtet, Ramius plane auf eigene Faust einen Angriff auf die USA. Nur CIA-Agent Jack Ryan glaubt, dass es sich bei Ramius um einen Überläufer handelt. Er geht an Bord des US-U-Boots und nimmt Kontakt mit Ramius auf, der sich als Überläufer entpuppt, seine Mannschaft aber im Glauben gelassen hat, ihr Einsatz sei ein Angriff. Mit vereinten Kräften gilt es nun, die Attacke eines russischen U-Boots abzuwehren.

Weil der siebenjährige Simon einen neuen Top-Secret-Code geknackt hat, muss Art Jeffries, FBI-Mitarbeiter im Innendienst, gegen skrupellose Bundesagenten antreten, um das Leben des autistischen Jungen zu schützen. Für Simon ist die angeblich absolut sichere Verschlüsselungsmethode Mercury so leicht zu lesen wie für andere Kinder ein Comic. Diese Fähigkeit macht den neuen Milliarden-Dollar-Geheimschlüssel verletzlich, insbesondere wenn Feinde der Vereinigten Staaten von Simons Fähigkeiten Wind bekommen und ihn entführen. Projektleiter Nick Kudro befiehlt, das 'Sicherheitsrisiko' zu eliminieren, aber er hat dabei nicht mit Jeffries gerechnet. Auf der Flucht vor kaltblütigen Attentätern erkennt Jeffries schnell, dass er niemandem vertrauen kann. Während die Uhr unaufhaltsam tickt, wird ihm klar, dass seine Feinde nur mit Hilfe von Simons besonderer Gabe aufgehalten werden können.