In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

James Clayton, Spitzenabsolvent einer Elite-Uni und Entwickler einer wegweisenden Computersoftware, wird von CIA-Scout Walter Burke für die "Agency"? angeworben. Im Ausbildungslager trifft James auf die geheimnisvolle und attraktive Layla. Völlig unerwartet wird er am Ende der harten Ausbildung wegen Nichteignung entlassen. Kurz danach taucht Burke mit einem undurchsichtigen Auftrag auf: James soll für die CIA einen "Maulwurf"? in den eigenen Reihen ausfindig machen. Es beginnt ein gefährliches, atemloses Vexierspiel um Loyalität, Verrat, Gier und Liebe, in dessen Verlauf es nur eine Gewissheit gibt: "Nichts ist, wie es scheint"?.