Auf dem Höhepunkt der iranischen Revolution wird am 4. November 1979 die US- Botschaft in Teheran gestürmt - militante Studenten nehmen 52 Amerikaner als Geiseln. Doch mitten in diesem Chaos gelingt es sechs Amerikanern, sich davon zu schleichen und in das Haus des kanadischen Botschafters zu fliehen. Es ist nur eine Frage der Zeit, bis der Verbleib der sechs bekannt wird - ihr Leben steht auf dem Spiel. Deshalb entwirft der auf das "Ausfiltern"spezialisierte CIA-Agent Tony Mendez einen riskanten Plan, um die Flüchtlinge außer Landes und in Sicherheit zu bringen. Dieser Plan ist so unglaublich, dass er sich nur im Kino abspielen kann...

Als zwei französische Forscher im Wasser um den kleinen Küstenort Claridge, Maryland herum an der Chesapeake Bay eine sehr hohe Konzentration an verschiedenen Giften feststellen und dies dem Bürgermeister mitteilen, wiegelt dieser die Gefahr ab, da kurz vor den anstehenden Feierlichkeiten zum 04. Juli keine Panik unter Anwohnern und Gästen entstehen soll. Am Tag der Unabhängigkeit ist es dann aber so weit: Zunächst sind es nur Unmengen an toten Fischen, die an Land geschwemmt werden, bis die Menschen die tatsächliche Ursache ergründen können. Eine durch die Gifte mutierte Abart eines Endoparasiten springt von den Fischen auf den Wirt Mensch über - mit fatalen Folgen. Nur das Jahre später veröffentlichte Video- und Audio-Material offenbart, was sich am 04. Juli 2009 wirklich zugetragen hat in Claridge, Maryland.

1954 soll der U.S. Marshall Teddy Daniels das Verschwinden eines Patienten aus dem Bostoner Shutter Island Ashecliffe Hospital aufklären. Er hat sich aus persönlichen Gründen um diesen Auftrag bemüht, aber schon bald muss er sich fragen, ob er nicht durch die Ärzte manipuliert wurde, deren Methoden von unethisch über illegal bis skrupellos gehen. Teddys scharfsinnige Ermittlungsmethoden führen rasch zu einer vielversprechenden Spur, aber das Hospital verweigert ihm Zugriff auf Informationen, die den Fall erhellen könnten. Als ein Hurrikan die Verbindung zum Festland unterbricht, "entkommen" weitere gefährliche Kriminelle in dem Chaos und die verwirrenden Hinweise mehren sich, so dass Teddy an allem zu zweifeln beginnt - seinem Gedächtnis, seinem Partner und sogar seinem eigenen Verstand.