Nach dem Tod des Staatsanwalts Harvey Dent alias Two-Face nahm Batman die Schuld von dessen Verbrechen auf sich, um seinen Ruf zu schützen. Daher wurde er von dem Gotham City Police Department gejagt und verließ die Stadt. Die Handlung des Films setzt acht Jahre nach den Ereignissen von The Dark Knight ein. Nachdem der bemerkbar gealterte Batman nach Gotham zurückkehrt, muss er die Wahrheit der geheimnisvollen Selina Kyle herausfinden und den Schurken Bane davon abhalten, Gotham zu zerstören

In einer fast identischen Parallelwelt, die auf Magie statt auf Technologie basiert, untersucht Detective Sean Nault von der Mordkommission eine Serie von Tötungsdelikten, bei der eine bislang unbekannte Waffe zum Einsatz kam. Lenore, die aufgeschlossene Besitzerin eines New-Age-Shops, und Winston Churchill, der 130jährige Zauberer, der seinen Ruhestand in Kalifornien genießt, helfen ihm die Hinweise zu deuten: Die Waffe stammt aus unserer Welt, hereingeschmuggelt durch ein Dimensionstor.