Toller (Ethan Hawke) war ehemals Pfarrer beim US-Militär. Er hat mit dem Tod seines Sohnes zu kämpfen, den er ermutigte, in die Armee zu gehen. Zwischen dem Geistlichen und Mary (Amanda Seyfried), einer trauernden Witwe, entwickelt sich eine zarte Freundschaft. Marys verstorbener Gatte war Umwelt-Aktivist und gemeinsam stellen Toller und Mary fest, dass die Kirche des Priesters mit skrupellosen Firmen unter eine Decke steckt.

Zwischen Mülltonnen entdeckt der desillusionierte Arbeiter John einen Karton mit Sonnenbrillen, durch die er Werbetafeln als manipulative Propaganda zum hemmungslosen Konsum und einige Mitbürger als skelettähnliche Aliens erkennen kann. Gemeinsam mit einer Gruppe Widerständler, die ebenfalls hinter diese außerirdische Invasion gekommen sind, nimmt John den bewaffneten Kampf auf und wird daraufhin als Terrorist gesucht. Nach wilden Verfolgungsjagden und heftigen Feuergefechten gelingt es ihm, in die Kommandozentrale der Außerirdischen einzudringen und die Maschine zu zerstören, die ihnen ihr menschliches Aussehen verleiht.

Wie schon im ersten Teil geht es erneut um unerwünschte Besucher aus dem All. Die Aliens befinden sich noch immer auf der Erde. Ein Forscher und eine Reporterin versuchen die Invasion aus dem All mit allen Mitteln zu stoppen und geraten dadurch selbst zur Zielscheibe. Durch Zufall geraten die beiden in Besitz einer außerirdischen Kugel, welche ihnen den Eintritt in die versteckte Station der Aliens zeigt.