In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...

Ein internationaler Flottenverband aus fünf Kriegsschiffen führt gerade eine Übung im pazifischen Ozean durch. Admiral Shane erblickt während eines Manövers ein metallenes Gebilde, das sich bei näherer Betrachtung als außerirdisches Raumschiff entpuppt, das aus dem Wasser ragt. Die Militärs reagieren mit großer Neugier auf das unbekannte Objekt. Als sich die ersten Offiziere dem gewaltigen Raumschiff nähern, erwecken sie es zum Leben. Admiral Shane und sein Schwiegersohn in spe, Alex Hopper, gehen auf Angriffskurs und stellen sich den ungebetenen Gästen in die Quere. Doch die entfesselte Seeschlacht ist nur der Anfang. Denn die Aliens, "Regents" genannt, wollen eine gewaltige Energiequelle auf dem Meer errichten - und die Menschheit scheint ihnen dabei im Weg zu stehen...

Während eines Tankstopps werden die alleinerziehende Mutter Lorraine Burton und ihr fünf Jahre alter Sohn von dem flüchtigen Bankräuber Roy überwältigt. Er zwingt sie, ihn zu einem Treffen mit seinem Komplizen zu fahren, der noch das Geld vom jüngsten Überfall hat. Doch Lorraine ahnt, dass Roy am Ende die Zeugen beseitigen wird. Ein bitter Kampf ums Überleben beginnt und lässt bei Lorraine Kräfte freiwerden, die sie nie erahnt hätte. Sie schlägt zurück...