Ein geheimes Regierungsprojekt versucht, das "Philadelphia Experiment" aus dem 2. Weltkrieg wieder herzustellen, das Kriegsschiffe unsichtbar machen sollte. Als das gelingt, wird plötzlich das original Kriegsschiff in die Gegenwart katapultiert, welches 1943 bei dem ersten Versuch verschwand. Doch das Schiff bringt auch Tod und Zerstörung mit in das 21. Jahrhundert. Nun liegt es an dem einen, letzten Überlebenden des ersten Experiments, die Katastrophe zu stoppen.

In dieser Fortsetzung von "Alien Vs. Predator"? wird der Kampf der Ausserirdischen mitten in einer amerikanischen Kleinstadt ausgetragen. In den Hügeln von Colorado stürzt das Erkundungsschiff eines Predators ab, wobei Alien-Facehugger freigesetzt werden. Doch auch eine noch gefährlichere Kreatur tritt in Erscheinung: Ein Hybrid aus einem Alien und einem Predator. Selbst die herbeigerufene Nationalgarde sieht nur noch einen Ausweg: Die Auslöschung der Stadt mit einer nuklearen Bombe! Die unbedarften Bürger müssen sich gegen die übermächtigen Gegner verbünden, um wenigstens eine kleine Überlebenschance zu haben.