Nach dem Tod des Staatsanwalts Harvey Dent alias Two-Face nahm Batman die Schuld von dessen Verbrechen auf sich, um seinen Ruf zu schützen. Daher wurde er von dem Gotham City Police Department gejagt und verließ die Stadt. Die Handlung des Films setzt acht Jahre nach den Ereignissen von The Dark Knight ein. Nachdem der bemerkbar gealterte Batman nach Gotham zurückkehrt, muss er die Wahrheit der geheimnisvollen Selina Kyle herausfinden und den Schurken Bane davon abhalten, Gotham zu zerstören

Im 21. Jahrhundert gibt es nur noch einen sicheren Platz auf der Erde, da der Rest der Welt verseucht wurde: die Insel. Auch Lincoln Six-Echo wünscht sich nichts mehr als dort hinzukommen und den Rest seines Lebens glücklich zu verbringen. Doch stattdessen lebt er ein tristes Leben in einer kontrollierten Einrichtung, in der alle Bewohner diesen Wunsch hegen. Aber mit der Zeit schwindet die Hoffnung auf Besserung. Als Lincoln dann auch noch herausfindet, dass er und seine Mitbewohner Menschenklone sind, die den richtigen Menschen Ersatzkörperteile liefern sollen, hält ihn nichts mehr dort und er startet zusammen mit der hübschen Jordan Two-Delta einen Fluchtversuch. Beide kennen nur noch eins: Rache - Rache an den Menschen, die ihnen das alles angetan haben.