"Ein böser Ort", schießt es der 16-jährigen Kit bei ihrer Ankunft im Elite-Internat Blackwood Hall durch den Kopf. Ihr Gefühl wird nicht besser, als sie auf die Direktorin und ihre insgesamt vier Mitschülerinnen trifft - alle vier, wie auch Kit selbst, mit dem Stigma "schwer erziehbar" versehen. Nichtsdestotrotz beginnt Kit ein ungeahntes Talent für das Klavierspiel zu entwickeln und auch ihre vier Kommilitoninnen entpuppen sich als hochbegabt. Aber Kits Alpträume wollen nicht verschwinden und nach und nach ahnt Kit, dass sich ein tödliches Geheimnis hinter den Mauern von Blackwood versteckt.

1942 ist Hitlers Drittes Reich auf dem Höhepunkt seiner Macht. Die "Endlösung"? der Judenfrage wurde eingeleitet, ins Leben gerufen vom SS- und Gestapo-Chef Reinhardt Heydrich (Jason Clarke). Der rücksichtslose Mann hat es mithilfe seiner aristokratischen Frau Lina (Rosamund Pike) bis ganz an die Spitze der nationalsozialistischen Führungsriege geschafft. Um ihn auszuschalten, plant der Widerstand der Tschechoslowakei eine ehrgeizige Operation: Zwei junge Rekruten, Joseph Gacik und Jan Kubis (Jack O'Connell und Jack Reynor), werden von Winston Churchill und dem tschechoslowakischen Oberhaupt Edvard Bene? nach Prag geschickt, um Reinhardt Heydrich mit einem Anschlag zu töten. Bei der Planung unterstützt werden sie dabei von einer jungen Widerstandskämpferin (Mia Wasikowska). Die Operation erhält den Namen Anthropoid.