Nach dem Tod des Staatsanwalts Harvey Dent alias Two-Face nahm Batman die Schuld von dessen Verbrechen auf sich, um seinen Ruf zu schützen. Daher wurde er von dem Gotham City Police Department gejagt und verließ die Stadt. Die Handlung des Films setzt acht Jahre nach den Ereignissen von The Dark Knight ein. Nachdem der bemerkbar gealterte Batman nach Gotham zurückkehrt, muss er die Wahrheit der geheimnisvollen Selina Kyle herausfinden und den Schurken Bane davon abhalten, Gotham zu zerstören

In ihren 16 Lebensjahren lernte Hanna diverse Nahkampftechniken, den Umgang mit Waffen und etliche Fremdsprachen in der Einöde Finnlands. Dort lebt sie mit ihrem Vater Erik in einer Waldhütte - fernab jeglicher Zivilisation. Eines Tages erzählt sie ihm, dass sie endlich bereit sei. Kurz darauf händigt Erik ihr einen Peilsender aus, den sie drückt und der dazu führt, dass die CIA bald vor der Tür steht. Hanna wird gefangen genommen, von Erik findet sich aber keine Spur mehr, da er rechtzeitig floh. Nach der Ausführung ihres Auftrags wollen sie sich in Berlin wiedertreffen. Hanna soll die CIA-Agentin Marissa umbringen. Als sie in Gefangenschaft ist und um ein Gespräch mit ihr bittet, ahnt Marissa den Hinterhalt und schickt eine Doppelgängerin in Hannas Zelle, die bald darauf tot ist. Hanna kann gerade so aus dem Gebäudekomplex fliehen, denkt, sie habe ihren Auftrag erfolgreich ausgeführt, und macht sich nun auf den Weg nach Berlin - verfolgt von Marissa und ihren Männern...