In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...

Die Erde, wie wir sie kennen, existiert in ferner Zukunft nicht mehr. Ein Krieg katastrophalen Ausmaßes hat sie vollkommen zerstört. Doch etwas hat überlebt. Die kleine Stoffpuppe "9" erwacht in den Ruinen einer ehemaligen Stadt und begibt sich auf eine Reise, um die Hintergründe die zur Zerstörung führten, zu ergründen. Dabei trifft sie auf 8 weitere Stoffwesen, die genauso wie er eine Nummer tragen. Doch die Wahrheit ist schlimmer als alles, was sie sich je vorgestellt hatten ...