Seit der ersten Stargate-Mission ist mehr als ein Jahr vergangen. Als feindlich gesinnte Außerirdische unerwartet durch das Sternentor in die Militärbasis dringen, wird das streng geheime Stargate-Programm reaktiviert. Col. O'Neill und sein neu zusammengestelltes Team sollen herausfinden, was hinter dem Angriff steckt. Schon bald müssen sie erfahren, dass weitaus mehr Tore existieren und dass im Universum Gefahren lauern, die jede Vorstellung übersteigen.

Sechs junge Forensik-Studenten haben sich für die nächste Bewerberrunde beim FBI qualifiziert. Nun sollen die Glücklichen ihre praktische Eignung unter Beweis stellen und werden übers Wochenende zu einem öden Eiland gebracht, auf dem die Ausbilder zu Trainingszwecken eine "Bodyfarm"? errichtet haben. Mit Feuereifer stürzen sie sich auf ihre Fälle, bis ein Aspirant nach dem anderen auf mysteriöse Weise verschwindet. Schnell stellt sich heraus, dass das Gelände einst vom Militär zu biogenetischen Experimenten genutzt wurde - und einige der Versuchskaninchen wider Willen auf der Insel zurückgeblieben sind...