Ein Cyborg aus der Zukunft wird auf eine tödliche Mission in die heutige Gegenwart geschickt. Er soll Sarah Connor töten, eine junge Frau, die eine entscheidende Rolle für die Zukunft der Menschheit spielen wird. Sie hat nur eine Chance, Kyle Reese, ein Freiheitskämpfer, der ebenfalls aus der Zukunft kommt.

Ohne es zu wissen, landet Chekov auf dem Planeten, auf den Kirk einst Khan verbannte. Der zwingt den Russen, seinen Ex-Captain herzulocken. Zugleich hat Khan es auf das Projekt Genesis abgesehen, das Kirks einstige Liebe Dr. Marcus zusammen mit ihrem gemeinsamen Sohn leitet. Es soll die Schöpfung fruchtbarer Welten auf öden Planeten ermöglichen. Als Kirk mit einer Enterprise voller Neulinge eintrifft, greift ein Föderationsschiff an. Khan führt dort das Kommando...