Der Ex-CIA-Agent Mark Roberts wird verdächtigt, zwei Morde begangen zu haben. Denn U.S. Marshal Sam Gerard hat dessen Fingerabdrücke am Tatort gefunden. Nach seiner Verhaftung soll Roberts nach New York geflogen werden. Doch die Maschine stürzt ab und dem vermeintlichen Mörder gelingt die Flucht. Gemeinsam mit dem Secret-Service-Agenten John Royce jagt Gerard den Häftling quer durch Amerika. Als der Marshal jedoch merkt, dass sein Partner versucht, Roberts zu beseitigen, beginnt er erneut zu recherchieren...

In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...