Basierend auf der gleichnamigen TV-Serie, die im Jahre 2006 nach nur drei Staffeln eingestellt wurde, führt der Film die recht offen geendete Serie fort, so dass frühere Rivalitäten wieder aufgenommen, Allianzen auf den Prüfstand gestellt und frühere Verletzungen und Niederlagen wieder zurück ins Bewusstsein gebracht werden.

Im 26. Jahrhundert schlägt sich die Crew des Raumfrachters "Serenity" vorwiegend mit Schmuggelaufträgen durch den Weltraum. Aliens wurden bisher keine entdeckt, aber Captain Malcolm "Mal" Reynolds, ein ehemaliger Kämpfer im verlorenen Bürgerkrieg gegen die jetzt allgegenwärtige Allianz, hat trotzdem laufend Ärger - speziell, nachdem er den jungen Arzt Simon und seine Schwester River an Bord nimmt. Jene ist das geflohene "Produkt" von Experimenten der Allianz, und wird von dieser überall gesucht.

1862, Amerika im Bürgerkrieg, irgendwo an der Grenze zwischen Kansas und Missouri: Jake Roedel und Jack Bull Chiles, Kameraden seit Kindheitstagen, kämpfen gemeinsam auf der Seite der Südstaatler. Allerdings haben sie sich nicht der offiziellen Armee, sondern einer Rebellentruppe angeschlossen, die versteckt in den Wäldern zwischen allen Fronten ihren persönlichen Rachefeldzug führt. Als der Winter hereinbricht, ziehen sich zusammen mit ihren Freunden in ein Versteck im Wald zurück. Einzig die Besuche der jungen Witwe Sue Lee lassen sie für wenige glückliche Augenblicke das Kriegsgeschehen vergessen. Doch schon bald müssen sie erneut losziehen, in einen Kampf, der sie nicht nur die Jugend kostet, sondern manche von ihnen sogar das Leben...