20 Jahre ist es mittlerweile her, seit General Johnny Rico der Mobilen Infanterie beigetreten ist und sich zunächst als gewöhnlicher Soldat seine Sporen verdiente. Nach heftigen Gefechten und Verwundungen stieg er unter der Führung von seinem ehemaligen Lehrer Rasczak auf und nahm bei seinem Tod dessen Position ein. Heute ist Rico ein erfahrender Veteran, der scheinbar alles erlebt hat auf dem Schlachtfeld - oder doch nicht? Vor den ekligen und todbringenden Bugs hat die Menschheit jedenfalls noch keine Ruhe gefunden und nun haben die überdimensionalen Krabbelviecher auch noch eine Satellitenstation auf dem Mars eingenommen. Rico und eine Gruppe junger Rekruten werden auf den roten Planeten geschickt, um ihn von dem Bug-Befall zu säubern. Und überraschenderweise trifft Rico bei seiner Mission auf eine alte Bekannte: Dizzy Flores

John F. Kennedy, der Präsident der Vereinigten Staaten, ist zu Besuch in Dallas, Texas. Während der traditionellen Fahrt im offenen Auto durch die Stadt treffen ihn plötzlich zwei Gewehrschüsse und verletzen ihn lebensgefährlich. Sofort wird er in das Parkland Memorial Krankenhaus eingeliefert. Der junge Arzt Jim Carrico ist der einzige vor Ort anwesende Mediziner, der dem schwer Verwundeten helfen kann. Die Krankenschwester Doris Nelson assistiert ihm bei der wichtigen Operation. Zur gleichen Zeit befinden sind Polizei und Secret Service auf einer fieberhaften Suche nach dem Scharfschützen. Wichtige Hinweise erhalten sie von dem Zivilisten Abraham Zapruder der den Anschlag und den vermeintlichen Attentäter Lee Harvey Oswald zufällig mit seiner 8-mm-Kamera gefilmt hat.

Fort Casey, ein abgelegener Außenposten der Föderation, wird von den Bugs angegriffen. Das Team des Angriffsschiffs Alesia wird abkommandiert, um das dort stationierte Starship John A. Warden zu unterstützen und bei der Evakuierung von Fort Casey zu helfen. Carl Jenkins, der für das Ministerium für paranormale Kriegsführung arbeitet, begibt sich aber noch vor dem Zusammenkunft der beiden Raumschiffe mit der Warden auf eine geheime Mission und wird seitdem vermisst. Die kampferprobten Trooper sind nun mit einer Rettungsmission konfrontiert, die weit düsterere Konsequenzen haben könnte, als sie sich je vorstellen konnten.