Als die japanische Küstenwache eine verlassene Yacht in der Bucht von Tokio inspiziert, wird sie scheinbar aus dem Nichts angegriffen. In der Folge häufen sich ähnliche Zwischenfälle, sodass Deputy Chief Cabinet Secretary Rando Yaguchi (Hiroki Hasegawa) bald überzeugt ist, dass eine Art unbekanntes Lebewesen dahintersteckt. Mit seinen Warnungen stößt er jedoch so lange auf taube Ohren, bis sich plötzlich eine gigantische Kreatur aus dem Wasser erhebt und alles, was ihr im Weg steht, zerstört. Yaguchi stößt währenddessen auf die Forschungsarbeit eines in Ungnade gefallenen Professors und entdeckt, dass die Godzilla getaufte Kreatur durch radioaktive Strahlung entstanden ist. Das japanische und amerikanische Militär ist hilflos gegen Godzilla, also muss Yaguchi einen Weg finden, das Monster zu besiegen. Mit Hilfe der US-Sondergesandten Kayoko Ann Patterson (Satomi Ishihara) schmiedet er einen Plan...

Mitsouko und ihre Freundinnen werden von unerklärlichen Phänomenen gejagt und getötet. Mitsouko wechselt dabei Ihren Körper, Orte und Freunde. Sie bleibt allerdings immer Sie selbst und lernt so langsam, warum sie gejagt wird und warum alle Sterben die Sie mag. Das Phänomen zeigt sich als verzwicktes Spiel um Realität und Virtualität. Um diesen Kreislauf zu durchbrechen, muss sie ein fast unmögliches Opfer bringen.

Seit Jahren schon tobt der Krieg gegen die außerirdischen Gamilon und fordert hohe Verluste. Die Erdatmosphäre ist nach Meteor-Bombardements radioaktiv verseucht, die wenigen Überlebenden vegetieren in unterirdischen Bunker-Städten vor sich hin. Das Ende der Menschheit steht kurz bevor, als unerwartet eine Nachricht der Iscandarier die Erde erreicht. Die Erzfeinde der Gamilon verfügen über die nötige Technologie, um unseren Planeten wieder bewohnbar zu machen! Das letzte übrig gebliebene Kampfschiff Yamato macht sich auf den gefährlichen Weg nach Iscandar. Wird sich die Yamato gegen die übermächtige Gamilon-Flotte behaupten können und ihr Ziel erreichen?