Der bösartige Schwertkämpfer Makoto Shishio (Tatsuya Fujiwara) will Japan in die Katastrophe stürzen. Er verfolgt den radikalen Plan, die Meiji-Regierung in Kyoto zu stürzen und kann sich auf seinem blutigen Streifzug durch die politische Vertikale auf seine außerordentlichen Fähigkeiten als Meister der Schwertkunst verlassen. Das Land hat nur eine Hoffnung: Kenshin Himura (Takeru Satô). Der hat aber geschworen, nie wieder zum Schwert zu greifen. Als jedoch auch er merkt, dass die Situation in Japan zunehmend außer Kontrolle gerät, zwingen ihn die Aktionen Makoto Shishios dazu, sich gegen seinen Schwur und die Einwände seiner Freundin (Hiroko Yashiki) zu entscheiden und wieder zum Schwert zu greifen. Das Schicksal Japans wird im Kampf zwischen Makoto Shishio und Kenshin Himura entschieden.

Ohne jede Erklärung oder Vorwarnung bricht eine rätselhafte Epidemie aus - und schon bald wird klar, dass es sich um ein hochansteckendes Phänomen handelt: Eine grausige Blindheit taucht die Betroffenen in ein immerwährendes weißes Meer aus Licht, in dem nichts zu erkennen ist. Die Behörden reagieren rigoros und bringen schon bald die ersten, vereinzelten Erkrankten in eine abgelegene ehemalige Irrenanstalt. Zunächst ist die Gruppe der Insassen klein, unter ihnen befinden sich ein Augenarzt mit seiner Ehefrau. Die Frau des Arztes hat ihr Augenlicht aus irgend einem Grund noch nicht verloren und kann so vorsichtig Hilfestellung geben für die hilflosen Mitinsassen. Doch schon bald wird die Menge an Neuankömmlingen immer größer, die räumliche Kapazität wird allmählich gesprengt und auch sonst scheint die Organisation langsam im Chaos zu versinken. Innerhalb der Quarantäneanstalt kommt es zu immer grausameren Auswüchsen von Verzweiflung, Angst, Gier und Lust ...

In einer fernen Zukunft: Nach einem 50 Jahre währenden Krieg ist die Erde ein verwüsteter Planet und die meisten Überlebenden sind unheilbar erkrankt. Der Wissenschaftler Dr. Azuma forscht an einer genetischen Methode um die Menschheit zu heilen. Doch ein Unfall in seinem Forschungslabor hat schwerwiegende Folgen für die gesamte Welt: Aus der revolutionären Nährlösung erwachsen intelligente Mutantenwesen, welche die menschliche Rasse als Bedrohung ansehen. Die Mutanten nennen sich selbst "Neo Sapiens" und erklären schlussendlich der Menschheit den Krieg...