In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Nachdem ein tiefschwarzer Asteroid, der sämtliches Sonnenlicht absorbiert hatte und so für alle NASA-Frühwarnsysteme unsichtbar geblieben ist, auf der Erde eingeschlagen ist, kämpft im Nordwesten der USA eine fünfköpfige, junge Familie um die nackte Existenz! Der massive Einschlag hat zahlreiche, sich selbst potenzierenden Naturkatastrophen ausgelöst. Überall auf der Welt brechen Vulkane aus, die Druckwelle des Einschlags hat gigantische Wirbelstürme entstehen lassen und vom Einschlagort im Pazifik aus bewegt sich ein mehrerer 100 Meter hoher Tsunami auf die Westküste Nordamerikas zu! Es scheint keinen Ort mehr zu geben, an dem ein Überleben möglich wäre...

In der nicht mehr allzu fernen Zukunft überrennen außerirdische Invasoren die Erde und treiben die überlebenden Reste auf eine scheinbar ziellose Flucht in den Weltraum. Die Insassen eines Rettungsbootes notlanden schließlich auf einem Planeten, der dem unseren fast bis aufs Blatt gleicht - mit dem Unterschied, dass Menschen hier die unterlegene Spezies sind und von einer Alienrasse versklavt werden. Die Schiffbrüchigen, die den Alienkriegern entkommen konnten, solidarisieren sich mit den Sklaven und setzen einen Aufstand in Gang.

Eine mysteriöse Flotte taucht auf und beginnt die Erde zu attackieren. Der Eindringling ist unbekannt und sehr stark. Die einzige Hoffnung der Menschheit ist die Crew der USS Iowa - unter der Leitung von Captain Winston und General McKraken. Denn das Schiff ist nach der Erstattacke der Fremden das letzte amerikanische Kriegsschiff, das es noch mit den schier unbesiegbaren Streitmächten aufnehmen kann. Die Zukunft der Menschen liegt in ihrer Hand.