Auf der Erde sind im 26. Jahrhundert 300 Jahre nach dem großen Krieg die gesellschaftlichen Systeme zerfallen. Bei seiner Suche nach Cyborg-Technologie rettet der mysteriöse Wissenschaftler Dr. Ido aus einem Schrotthaufen eine weibliche Cyborg. Er flickt die künstliche Frau, deren Körper bis auf ihr menschliches Gehirn aus Maschinenteilen besteht, wieder zusammen, und wird zu einer Art Ersatzvater für sie. Doch Alita ist ein gefährliches Wesen. Sie kann sich nicht erinnern, wer sie ist oder woher sie kommt. Dr. Ido jedoch glaubt, dass sie diejenige ist, die den Kreislauf von Tod und Zerstörung, der von Tiphares zurückgelassen wurde, durchbrechen kann. Um ihrer wahren Bestimmung zu folgen, muss Alita kämpfen und töten. Als ein Geschenk des Himmels ist sie doch auch ein Engel des Todes.

Der elfjährige Toe Thompson ist ein leichtes Ziel für die Rowdys in der kleinen Stadt Black Falls, wo Toes Eltern wie alle anderen für Black Box Industries arbeiten und den ultimativen Allzweck-Kommunikationsapparat herstellen - er ist aus keinem Haushalt mehr wegzudenken.Doch dann stürmt es plötzlich, und ein geheimnisvoller Regenbogenstein fällt vom Himmel: Wer ihn in der Hand hält, bekommt seine Wünsche erfüllt. Toe hielt seine Nachbarn immer schon für verrückt, aber jetzt drehen sie wirklich durch: Der Regenbogenstein hinterlässt im Ort seine Spuren, wechselt von Kind zu Kind, von Vätern zu Müttern, und alle ihre Wünsche werden wahr. Schon nach kurzer Zeit wird die Stadt von winzigen Aliens und gigantischen Nasenpopeln heimgesucht - ein total ausgeflipptes Chaos.