1000 Jahre sind vergangen, seitdem Naturkatastrophen die Menschen gezwungen haben, die Erde zu verlassen und den Planeten Nova Prime zu besiedeln. Nach einem ausgedehnten Kampfeinsatz kehrt General Cypher zurück nach Hause, um sich endlich um seinen 13-jährigen Sohn Kitai kümmern zu können. Ein Asteroidensturm beschädigt ihr Raumschiff, sie müssen auf der Erde notlanden. Um den sterbenden Vater zu retten, muss sich Kitai in die fremde Wildnis wagen und Hilfe organisieren.

Im 21. Jahrhundert gibt es nur noch einen sicheren Platz auf der Erde, da der Rest der Welt verseucht wurde: die Insel. Auch Lincoln Six-Echo wünscht sich nichts mehr als dort hinzukommen und den Rest seines Lebens glücklich zu verbringen. Doch stattdessen lebt er ein tristes Leben in einer kontrollierten Einrichtung, in der alle Bewohner diesen Wunsch hegen. Aber mit der Zeit schwindet die Hoffnung auf Besserung. Als Lincoln dann auch noch herausfindet, dass er und seine Mitbewohner Menschenklone sind, die den richtigen Menschen Ersatzkörperteile liefern sollen, hält ihn nichts mehr dort und er startet zusammen mit der hübschen Jordan Two-Delta einen Fluchtversuch. Beide kennen nur noch eins: Rache - Rache an den Menschen, die ihnen das alles angetan haben.

In Wyoming kurz vor der Staatengründung Mitte des 19. Jahrhunderts geraten der zugewanderte Rancher Redding und der ortsansässige Landbaron Ballard in Streit über zwei Pferde, wobei Redding von Ballard erst betrogen und dann vor korruptem Gericht ein weiteres mal gedemütigt wird. Kurzentschlossen gründet Redding eine Bürgermiliz und zieht auf den Rachefeldzug, motivierte Mitstreiter muss er in der von Ballard tyrannisierten Gegend nicht lange suchen. Was als Strafexpedition beginnt, artet zum blutigen Landkrieg aus.

Ein tragisches Ereignis verbindet die Leben zweier Fremder untrennbar miteinander: Bei einem Flugzeugabsturz kommen die Ehefrau und die schwangere Tochter von Bau-Vorarbeiter Roman ums Leben. Zu dieser Tragödie, bei der es keine Überlebenden gab, kam es während der Schicht des Fluglotsens Jake. Ein fataler Fehler führte zu dieser schrecklichen Katastrophe und lässt Roman und Jake traumatisiert zurück. Beide versuchen irgendwie mit den Geschehnissen fertig zu werden, doch eine Spirale aus Schuld und Rache zieht sie tiefer in einen zerstörerischen Abgrund. Für Roman zählt nur noch ein Gedanke: Rache. Auf Biegen und Brechen will er den Verantwortlichen für den Tod seiner Familie zur Rechenschaft ziehen und macht sich auf die Suche nach Jake...

Der mächtige Anführer der Autobots, Optimus Prime (Stimme im Original: Peter Cullen), hat die Erde verlassen. Fernab unserer Welt merkt er, dass seine Heimat Cybertron zerstört wurde. Um sie wiederaufzubauen, braucht Optimus Prime ein Artefakt, das zu Zeiten von König Artus (Liam Garrigan) auf unserem Planeten versteckt wurde. Und die brutale Wahrheit lautet: Nur eine der beiden Welten kann leben - entweder Cybertron oder die Erde. Um letztere zu retten, bildet sich eine ungewöhnliches Bündnis: Cade Yaeger (Mark Wahlberg), der Transformer Bumblebee, der englische Lord Edmund Burton (Anthony Hopkins), die Geschichtsprofessorin Vivien Wembley (Laura Haddock) und die junge Izabella (Isabella Moner) versuchen gemeinsam, den Untergang abzuwenden - in einem Kampf, in dem aus Freunden Feinde werden...