Seit der ersten Stargate-Mission ist mehr als ein Jahr vergangen. Als feindlich gesinnte Außerirdische unerwartet durch das Sternentor in die Militärbasis dringen, wird das streng geheime Stargate-Programm reaktiviert. Col. O'Neill und sein neu zusammengestelltes Team sollen herausfinden, was hinter dem Angriff steckt. Schon bald müssen sie erfahren, dass weitaus mehr Tore existieren und dass im Universum Gefahren lauern, die jede Vorstellung übersteigen.

Die Mutanten-Sippe hat die Ereignisse des ersten Teils teilweise überlebt doch innerhalb der inzestuösen Familie entstehen schwerwiegende Probleme: Gebärfähige Frauen müssen her um dem Clan Nachwuchs zu schenken und den Fortbestand zu sichern. Zu dieser Zeit entsendet die Nationalgarde einen Trupp in die Wüste New Mexicos; dieser findet den dortigen Posten menschenleer vor. Ein merkwürdiges Notsignal veranlasst die Soldaten sich auf die Suche zu machen und die Situation aufzuklären. Das sich unter den Soldaten auch gesunde junge Frauen befinden trifft sich gut für die kannibalischen Wüstenbewohner. Aus der eigentlichen Übung für die Soldaten entwickelt sich ein erbarmungsloser Kampf auf Leben und Tod.