Der elfjährige Toe Thompson ist ein leichtes Ziel für die Rowdys in der kleinen Stadt Black Falls, wo Toes Eltern wie alle anderen für Black Box Industries arbeiten und den ultimativen Allzweck-Kommunikationsapparat herstellen - er ist aus keinem Haushalt mehr wegzudenken.Doch dann stürmt es plötzlich, und ein geheimnisvoller Regenbogenstein fällt vom Himmel: Wer ihn in der Hand hält, bekommt seine Wünsche erfüllt. Toe hielt seine Nachbarn immer schon für verrückt, aber jetzt drehen sie wirklich durch: Der Regenbogenstein hinterlässt im Ort seine Spuren, wechselt von Kind zu Kind, von Vätern zu Müttern, und alle ihre Wünsche werden wahr. Schon nach kurzer Zeit wird die Stadt von winzigen Aliens und gigantischen Nasenpopeln heimgesucht - ein total ausgeflipptes Chaos.

Es soll lediglich eine Eskorte gefährlicher Sprengköpfe sein, die alles zerstörende Nano-Roboter beinhalten, doch für Captain Hauser und seinen Armeekollegen Weems kommt die Terrororganisation Cobra in die Quere, die nach der Weltherrschaft greift. Die brandgefährliche Baroness versucht im Auftrag des gemeingefährlichen "Doctor", die Sprengköpfe als Druckmittel in die Finger zu bekommen, als eine Spezialeinheit namens "G.I.Joe" unter der Führung von General Clayton "Hawk" Abernathy in letzter Minute eingreift. Einmal in Kontakt mit der Gruppe sehen Hauser und Weems in der mit neuester Kampftechnik ausgestatteten Gruppe eine ganz große Chance und bemühen sich um Beitritt zur Eliteeinheit...