Der junge Eli leidet unter einer unbekannten Krankheit, bei der ihm schon die Berührung normaler Luft oder anderer Menschen schadet und muss deswegen von der Außenwelt abgeschottet leben. Seine Eltern sind verzweifelt und haben bereits jede nur erdenkliche Art der Heilung ausgeschöpft. Als letzte Möglichkeit schicken sie ihn in die Klinik der Ärztin Dr. Horn. In ihrem steril gehaltenen Haus führt sie eine hochmoderne, sehr experimentelle Behandlung durch, die Eli retten könnte. Doch nach kurzer Zeit merkt er bereits, das irgendetwas mit dem Haus nicht stimmt. Er beginnt, unter intensiven Visionen zu leiden, die ihn daran zweifeln lassen, was real ist.

In naher Zukunft schützt ein abgekämpfter Logan einen gebrochenen Professor X in einem Versteck nahe der mexikanischen Grenze. Doch Logans Versuche, sich vor der Welt und seinem Vermächtnis zu verstecken, misslingen, als ein junger Mutant, von dunklen Kräften verfolgt, bei ihnen Zuflucht sucht.