Ende des 13. Jahrhunderts ermorden britische Besatzer die geliebte Frau des in Schottland lebenden William Wallace. Von dieser Tat aufgestachelt und blind vor Rache, mobilisiert er seine schottischen Landleute für einen Feldzug gegen die übermächtigen Engländer. Trotz ihrer nicht nur zahlenmäßigen Unterlegenheit schafft man das Unfassbare und besiegt die Armee des britischen Königs. Nach dem Sieg stehen jedoch nicht alle Schotten hinter Wallace und verraten ihren Freiheitskämpfer.

Paris, der schwer verliebte Prinz von Troja, verschleppt die spartanische Königsgemahlin Helena in seine Heimat. Der spartanische König Menelaos kann diese Beleidigung nicht hinnehmen. Unter der Leitung von seinem Bruder Agamemnon, dem mächtigen König von Mykene, schließen sich weitere griechische Könige zusammen, um Troja zu vernichten, darunter auch der berühmteste Krieger Achilles. Das Hauptmotiv von Agamemnon ist nicht die Ehre seines Bruders wiederherzustellen, sondern seine Habgier: der Fall von Troja würde für ihn einen großen Sieg bedeuten und die Vorherrschaft seines bereits riesigen Reiches sichern. Unter der Führung des gewaltigen Prinz Hektor halten aber Trojas Mauern besser stand als von den Griechen geplant...

Callum Lynch soll wegen Mordes hingerichtet werden, doch kurz bevor das Urteil vollstreckt wird, kommt er im Auftrag der Firma Abstergo Industries in die Einrichtung der Wissenschaftlerin Sophia Rikkin nach Madrid, wo Menschen mit hohem Gewaltpotenzial geheilt werden sollen. Nur wenig später erfährt Callum jedoch, dass hinter der Organisation des Generaldirektors Alan Rikkin die moderne Inkarnation des Templerordens steckt. Die Templer wollen den legendären Apfel Edens finden, um damit den freien Willen der Menschheit zu steuern - und Callum soll ihnen dabei behilflich sein. Mittels einer Maschine durchlebt er die Erinnerungen seines Vorfahren Aguilar de Nerha, einem Assassinen zur Zeit der Spanischen Inquisition. Doch während er in der Vergangenheit seine Mission ausführt, erlernt Callum immer mehr Fähigkeiten, die er in der Gegenwart gegen die Templer einsetzen kann...

Am Weihnachtsabend 1899 erreicht Edward Newgate die Tore der Irrenanstalt Stonehearst. Der junge und unerfahrene Psychologe sucht nach seiner ersten Anstellung, um endlich auch praktische Erfahrung sammeln zu können. Er wird mit offenen Armen von Anstaltsleiter Dr. Lamb empfangen, der dem angehenden Arzt die Räumlichkeiten und Methoden seiner Arbeit zeigt. Unter den Patienten befindet sich auch Eliza Graves, die von Anfang an eine geheimnisvolle Anziehung auf Edward ausübt. Anders als üblich werden die Insassen hier nicht betäubt oder gefesselt, sondern können sich frei entfalten und ihren Wahnsinn ausleben. Doch als Edward verdächtigen Geräuschen in die dunklen Keller des Gebäudes folgt, entdeckt er einen eingesperrten Mann, der behauptet Dr. Salt, der eigentliche Leiter der Einrichtung, zu sein...