Evelyn Salt genießt bei der CIA den Ruf, eine der besten Agentinnen des Geheimdienstes zu sein. Loyalität und Patriotismus stehen bei ihr an vorderster Stelle. Niemand würde ihre Integrität in Frage stellen. Bis ein Überläufer sie beschuldigt, eine russische Spionin zu sein. Salt setzt sich ab. Während sie ihre gesammelten Fähigkeiten einsetzt, um ihre Verfolger zu täuschen und abzuschütteln, müht sie sich darum, ihre Unschuld zu beweisen. Damit bewirkt sie aber nur das Gegenteil. Offenbar gibt es ein Geheimnis, von dem keiner erfahren soll.

Um das dunkle Kapitel seiner Vergangenheit endlich auszulöschen, muss Jason Bourne sich dieser stellen. Das Projekt, welches ihn erschuf, wird auch weiterhin illegal fortgesetzt. Bourne macht sich daran, den Mord an seiner Freundin zu rächen. Unterstützt wird er dabei von Nicki, einer ehemaligen Agentin und der CIA-Agentin Landy. Doch auch der CIA-Chef Vosen hat seine Killer schon auf Bourne angesetzt, damit alle Gefahren für die Weiterführung des Projekts beseitigt werden.