Während eines bemannten Raumfluges zum Mars wird ein Astronaut mit Alien-DNA infiziert. Zurück auf der Erde kann er entkommen und verschwindet mit dem Ziel, seine Spezies zu verbreiten. Einige Leute des Teams, das im ersten Teil die Schleimbraut erschaffen hat, wiederholen das damalige Experiment, und schicken die neue Sil los, um ihr männliches Gegenstück zu jagen.

Luc Deveraux hat seine Erlebnisse als Universal Soldier überstanden und arbeitet für die US-Regierung an einer Verbesserung und Wiederaufnahme des Universal-Soldier-Programms. Als der Supercomputer S.E.T.H. durchdreht und die Kontrolle über die Killermaschinen übernimmt, ist Luc der einzige, der sie stoppen kann.