Es herrscht Bürgerkrieg: Die amerikanischen Südstaaten kämpfen gegen den Norden. Mittendrin befindet sich Newton Knight (Matthew McConaughey). Er ist ein starker Gegner sowohl der Sklaverei als auch der Sezession und glaubt an gleiche Rechte für alle. Eine erste erfolglose Ehe mit Serena Knight (Keri Russell) hat er hinter sich gelassen. Um sich von den kriegerischen Absichten der anderen Staaten abzusondern, ruft er einen Bund ins Leben, der zwar nur aus armen Farmen besteht, aber hohe Ziele hat: Die Region Jones County in Mississippi soll abseits der Konföderation eine Gemeinschaft ins Leben rufen, die keinen Wert auf die Hautfarbe ihrer Bürger legt: the Free State of Jones. Seine Beziehung zur Sklavin Rachel (Gugu Mbatha-Raw) ist dabei eine entscheidende Antriebsfeder. Unterstützung erhält er bei seinem Unterfangen außerdem vom entflohenen Sklaven Moses Washington (Mahershala Ali).

Vater Roy ist mit seinem kleinen Sohn Alton auf der Flucht- er will ihn beschützen und herausfinden, was hinter den mysteriösen, außergewöhnlichen Fähigkeiten des Jungen steckt, wegen denen der Kleine eine Schutzbrille tragen muss. Was als Flucht vor religiösen Extremisten und vor der Polizei beginnt, wird zur landesweiten Menschenjagd, inklusive Regierungsbeteiligung. NSA-Spezialist Sevier will möglichst viel über den besonderen Jungen und seine Fähigkeiten erfahren und nimmt zu diesem Zweck Altons Ziehvater und Sekten-Guru Calvin samt dessen Gemeinde in Gewahrsam, um sie einem Verhör zu unterziehen. Währenddessen setzen Roy und sein Kumpel Lucas alles daran, Alton vor dem Schlimmsten zu bewahren. Und sie wollen ihm dabei helfen, sein Schicksal zu erfüllen, das die ganze Welt beeinflussen könnte...