Die Wächter schwärmen aus. Smith klont sich. Neo fliegt... aber vielleicht kann selbst der Auserwählte mit seinen atemberaubenden neuen Fähigkeiten den Angriff der Maschinen nicht mehr aufhalten. Neo. Morpheus, Trinity. Zurück im spannenden zweiten Kapitel der Matrix-Trilogie treffen sie auf außergewöhnliche Verbündete: Gemeinsam bekämpfen sie ihre Gegner, die sich klonen, durch Upgrades immer stärker werden und die letzte Festung der Menschheit belagern.

Der Hacker Neo wird übers Internet von einer geheimnisvollen Untergrund-Organisation kontaktiert. Der Kopf der Gruppe - der gesuchte Terrorist Morpheus - weiht ihn in ein entsetzliches Geheimnis ein: Die Realität, wie wir sie erleben, ist nur eine Scheinwelt. In Wahrheit werden die Menschen längst von einer unheimlichen virtuellen Macht beherrscht - der "Matrix", deren Agenten Neo bereits im Visier haben ...

Während einer Routinereise durch das All zu einem neuen Heimatplaneten erwachen zwei Passagiere aufgrund einer Fehlfunktion ihres Raumschiffs 90 Jahre zu früh aus dem Kälteschlaf. Jim und Aurora steht nun bevor, ihr gesamtes restliches Leben an Bord dieses Raumschiffs verbringen zu müssen. Umgeben von jedem nur denkbaren Luxus, fühlen sie sich stark zueinander hingezogen und verlieben sich ineinander. Doch plötzlich entdecken sie, dass sich ihr Raumschiff in großer Gefahr befindet. Das Leben von 5.000 schlafenden Passagieren steht auf dem Spiel - und nur Jim und Aurora können sie retten.

Die letzte Schlacht gegen die Maschinen kämpfen Neo, der Auserwählte, Rebellionsführer Morpheus und ihre Verbündeten - ein Krieg, der in den Ruinen der realen Welt geführt wird, der das Schicksal der Menschheit besiegelt und dessen Sieg in den Händen von Neo liegt, der seinerseits eine Reihe von Überraschungen zu erwarten hat.

Nachdem eine Frau nach einer Auslandsreise an einem mysteriösen Virus stirbt und ähnliche Fälle auf dem ganzen Planeten auftreten, ist schnell klar: eine Epidemie breitet sich aus, die schnell weltweit immer größere Teile der Bevölkerung hinwegrafft. Während die Wissenschaftler des amerikanischen Centers for Disease Control and Prevention Dr. Ellis Cheever, Dr. Erin Mears und Dr. Ally Hextall versuchen mehr über das Virus herauszufinden und ein Heilmittel zu entwickeln, reist Dr. Leonora Orantes von der Weltgesundheitsbehörde in Genf nach Hongkong, wo man den Ursprung der Krankheit vermutet. Unterdessen muss Mitch Emhoff mit dem Tod seiner Ehefrau fertig werden und versucht verzweifelt, seine Tochter vor einer Infektion zu schützen. Derweil schafft es der fanatische Blogger Alan Krumwiede mit seinen Texten weltweit Panik auszulösen.