Die Zylonen wurden vom Menschen erschaffen. Sie rebellierten. Es gibt viele Kopien. Und sie haben einen Plan. Ursprünglich war es die Bestimmung der Zylonen, der Menschheit als willenlose Roboter zu dienen. Doch dann rebellierten sie und entwickelten sich weiter. Mittlerweile sehen sie genauso aus wie ihre Schöpfer. Ihr Plan ist einfach und radikal - die Gattung Mensch auszurotten, von der sie einst versklavt wurden. Der verheerende Großangriff der Maschinenwesen hat nur einen Fehler: Es gibt Überlebende, denen die Flucht in die Tiefen des Weltraums gelingt. Um ihren Plan doch noch zu verwirklichen, müssen die Zylonen improvisieren. Zwei ihrer mächtigsten Anführer gehen getrennte Wege, um die letzten Menschen aufzuspüren und gnadenlos auszulöschen.

FBI-Agentin Monica Bannan wurde entführt, möglicherweise sogar getötet. Ihre Kollegin Dakota Whitney stößt bei den Ermittlungen auf Probleme. Pater Joseph Crissman, dem ein Ruf als Pädophiler anhaftet, bietet eine heiße Spur, spricht aber von geheimnisvollen Visionen - die Bundesbehörden werden misstrauisch. Obwohl ihr Partner Mosley Drummy dagegen ist, greift Whitney zu einem letzten Strohhalm und versucht über Ex-Agentin Dana Scully, mittlerweile in einem Krankenhaus beschäftigt, Fox Mulder zu erreichen. Der Spezialist für Übersinnliches ist sechs Jahre nach seinem unglücklichen Ausscheiden beim FBI untergetaucht. Er zögert kurz, willigt schließlich aber ein und gewinnt schnell das Vertrauen von Pater Crissman. Dann verschwindet eine zweite Frau ...