Schon seit Jahren sind Heather und ihr Vater Harry auf der Flucht, um gewissen dunklen und geheimen Mächten immer einen Schritt voraus zu sein. Eine Flucht, die Heather jedoch nie ganz versteht und über die Harry nie spricht. Am Abend ihres 18. Geburtstags, nachdem sie von schrecklichen Alpträumen geplagt wurde, stellt sie auf einmal fest, dass ihr Vater verschwunden ist. Dies und einige andere Erkenntnisse lassen sie tief in ihrem Inneren daran zweifeln, die Person zu sein, die sie jahrelang geglaubt hatte zu sein. Die Suche nach Harry führt sie nach Silent Hill und somit immer tiefer in dessen dämonische Welt. Kann sie die Gefahr abwenden, für immer dort gefangen zu sein?

Die Kaiju, monströse außerirdische Kreaturen, erheben sich aus dem Meer und ziehen in einen Krieg gegen die Menschheit, der Unzählige das Leben kosten und die Reserven der Erde bis in alle Zeit aufbrauchen könnte. Um die Kaiju zu bekämpfen, wird eine spezielle Waffe hergestellt: Gigantische Roboter namens Jaeger, die durch zwei Piloten gesteuert werden, deren Gehirne durch eine neurale Brücke ebenfalls miteinander verknüpft werden. Jedoch scheinen selbst die ausgeklügeltsten Waffen an den übermächtigen Aliens zu scheitern. In ihrer Ratlosigkeit wenden sich die Streitkräfte der Erde an den abgehalfterten Ex-Piloten Raleigh Antrobus und seine unerfahrene Novizin Mako Mori, die ein scheinbar schlecht ausgerüstetes, älteres Modell der Jaeger gegen die Kaiju in den Kampf führen sollen. Die beiden werden zur letzten Hoffnung gegen die übermächtige apokalyptische Gewalt aus dem All.