Nachdem viele der X-Men gestorben sind und die Allianz der Kämpfer mit den übernatürlichen Kräften aufgelöst wurde, befindet sich Logan aka Wolverine in einer Situation, in der er von der Verantwortung gegenüber seinem alten Team entbunden ist. Auf der Suche nach einem Grund zu leben, begibt er sich in das moderne Japan. Dort trifft er sowohl ihm gut und schlecht gesonnene Menschen und muss sich fragen, wem er trauen kann. Neben Feinden wie Industriellen, Politikern, Frauen und Ninjas trifft er auch auf seinen Erzfeind: Kenuichio Harada, besser bekannt als Silver Samurai. Als Mutant kann er verschiedene Stoffe mit Energie beladen und so mit seinem Samurai-Stahl jede Materie durchdringen. Wolverine entdeckt zum ersten Mal, dass es etwas gibt, das ihn verwundbar macht und stößt an seine körperlichen und emotionalen Grenzen. In einem seiner schwierigsten Kämpfe stellt er sich seiner eigenen Unsterblichkeit.

Im Jahre 2020 werden die Menschen im Boxring durch Roboter ersetzt. Abseits der offiziellen Liga nimmt Charlie Kenton, früher selbst ein aktiver Boxer, als Trainer an privat organisierten Roboterkämpfen teil; dies jedoch nur mit mäßigem Erfolg. Nach einem verlorenen Kampf erfährt er, dass seine ehemalige Freundin verstorben ist und sein Sohn Max, um den er sich bis zu diesem Zeitpunkt nie wirklich gekümmert hat, nun einen neuen Vormund braucht. Im Zuge eines Gerichtstermins "verkauft" er seine ihm rechtlich zustehende Vormundschaft für 100.000 Dollar an die Familie der Schwester seiner Frau. Teil des Deals ist jedoch, dass er die Sommerferien mit seinem Sohn verbringt. Sie finden den Sparrings Roboter Atom auf der Müllhalde. Die etwas andere Boxkarriere beginnt.