Zwei Halbbrüder, der erfolgreiche Wissenschaftler Michael und der Lehrer und verhinderte Schriftsteller Bruno, leiden unter den Folgeschäden ihrer Jugend. Von der Hippie-Mutter bei den jeweiligen Großmüttern geparkt, entsprechen sie als Erwachsene weder sexuell noch emotional der gesellschaftlichen Norm. Michael, der Nerd, versucht in seinen Forschungen, Sex und Fortpflanzung zu trennen, und hatte mit Anfang Dreißig noch nie Sex, und Bruno steht auf eine seiner jungen Schülerinnen, deren Aufsatz ihm als Wichsvorlage dient. Dann stirbt die Mutter und der Fluch scheint gebrochen. Ein Moment des Glücks scheint auf, als Michael mit seiner Jugendliebe Annabelle zusammenkommt und Bruno in einem Nudisten-Camp Christiane kennen lernt. Doch das ist nur von kurzer Dauer.

400 Jahre in der Zukunft, genauer im Jahre 2415, ist Æon Flux eine mysteriöse Attentäterin. Vier Jahrhunderte nach einem Virus, der fast die gesamte menschliche Rasse ausgelöscht hat, leben 5 Millionen Menschen in einer utopischen Stadt genannt Bregna. Æon kämpft um das Goodchild Regime zu vernichten, dass von ihrem Namensvetter und Herrschers von Bregna, Trevor Goodchild angeführt wird. Æon versucht Trevor Goodchild zu töten, doch kurz bevor offenbaren sich weitere Geheimnisse die entdeckt werden müssen und Verschwörungen die vereitelt werden müssen.