Etwa zehn Jahre nachdem sie es mit dem mächtigen Mutanten Apocalypse aufgenommen haben, sind die X-Men rund um Charles Xavier zu Helden geworden. Doch der damit einhergehende Ruhm steigt dem an den Rollstuhl gefesselten Telepathen zu Kopf, so dass er seine Schützlinge auf immer gefährlichere Missionen schickt. Für ihren jüngsten Auftrag schickt er die X-Men ins Weltall, wo sie verunglückte Astronauten retten sollen. Doch dabei wird ihr Raumschiff von einer Sonneneruption getroffen, die Jean Grey zwar absorbieren und umlenken kann, doch durch die enorme Energie erwacht eine mysteriöse Macht in ihr: die Phoenix Force. Jeans neue Kräfte lassen sich nur schwer kontrollieren und rufen schließlich auch eine außerirdische Gestaltwandlerin auf den Plan, die Jagd auf sie macht...

Der Motor für das Fortbestehen einer Art ist die Mutation, die unter bestimmten sich ändernden Umweltbedingungen sich von größtem Vorteil erweist. Noch sah sich immer der Mensch, der Homo sapiens, als die Krone der Schöpfung. Doch nun - mit dem Auftritt der Mutanten - sehen sich die Menschen in ihrer Alleinstellung bedroht vom Homo sapiens superior. Und tatsächlich sollen sie von ihrem Thron gestürzt werden. Denn keiner Vertritt mehr die Maxime des Survival of the Fittest als Apocalypse, der erste der Mutanten. Doch Apocalypse ist wenig zimperlich im Kampf ums Überleben, auch Mutanten, die Schwäche zeigen, müssen ausgetilgt und vernichtet werden. Und so müssen die Menschen und die Mutanten um Professor Xavier und Magneto Seite an Seite stehen, um gegen Apocalypse und seinen Selektionsdruck eine Chance zu haben.

Das weltumspannende, das die Welt zusammenhaltende Wesen vom Lebensbaum ist die Ausgangsidee von The Tree of Life, die hier auf eine scheinbar ganz normale Familie im mittleren Westen der USA in den 1960ern übertragen wird. Wir sehen die Welt durch die Augen des jungen Jack: neugierige, weltoffene, staunende Augen. Wie auch seine Mutter vermag er mit seiner Seele die Welt zu schauen. Sein Vater jedoch, ein Pragmatiker, trichtert dem Kind "die Realitäten" der Welt ein, einer Welt, in der jeder sich selbst der Nächste ist. Hin- und hergerissen zwischen diesen verschiedenen Ansichten muss Jack im Zuge seiner Kindheit erfahren, dass das Leben auch düstere Seiten und viel Leid bereithält. Als Erwachsener ist ihm die Welt nur noch Rätsel und er eine darin verlorene Seele. Was ist der große Plan, was bedeutet The Tree of Life, und was ist Jacks Stellung im Universum? Das "Schicksal" hält eine wundersame Antwort für ihn parat...