Nach einer Kometenerscheinung tauchen in der Nähe von Seattle, USA, 4400 Männer, Frauen und Kinder wieder auf, die zwischen 1946 und 2004 verschwunden waren. Keiner der Rückkehrer, zusammen "Die 4400" genannt, kann sich erinnern, was mit ihm passiert ist und sie sind alle seit ihrer "Entführung" nicht gealtert. Vieles hat sich für die 4400 Männer und Frauen geändert. So sind beispielsweise Verwandte und Freunde gestorben oder haben sich ein völlig neues Leben aufgebaut, in dem für die Rückkehrer kein Platz mehr ist. Zudem steht die Mehrheit der Bevölkerung ihnen misstrauisch gegenüber. Nach und nach entwickeln alle Rückkehrer besondere, übersinnliche Fähigkeiten, jeder eine andere. Das "National Threat Assessment Command" (NTAC), eine Abteilung der Homeland Security, bildet ein Team, um zu untersuchen, was mit den 4400 passiert ist, und versucht zugleich, die Konflikte mit der Bevölkerung zu lösen. Auf der anderen Seite schließen sich einige der 4400 unter der Führung des charismatischen Millionärs Jordan Collier, der ebenfalls entführt wurde, zusammen, um herauszufinden, was mit ihnen passiert ist, und um sich vor Übergriffen durch die Bevölkerung zu schützen.

Das Schicksal dreier Familien ist über mehrere Jahrzehnte untrennbar verbunden mit der Ankunft von Außerirdischen auf unserem Planeten: Schon als Flieger im 2. Weltkrieg wurde Captain Russell Keys zum ersten Mal von den Aliens entführt und seitdem immer wieder - ebenso wie später sein Sohn Jesse. Sally Clarkes Kontakt zu einem Außerirdischen ist weniger bedrohlich: Sie verliebt sich in den geheimnisvollen Fremden in Menschengestalt und zeugt sogar ein Kind mit ihm, den Jungen Jacob. Der skrupellose Captain Owen Crawford hingegen will um jeden Preis herausfinden, was es mit der Anwesenheit der Fremden auf sich hat und leitet ein geheimes UFO-Projekt, das später sein nicht weniger gewissenloser Sohn Eric an sich reißt.