Die Menschheit empfängt erstmals eine nicht menschliche Botschaft, die von Lebewesen außerhalb unseres Sonnensystems zu kommen scheint und die beweist, dass es außerirdisches intelligentes Leben gibt. Kurz danach beginnt eine menschenvernichtende Invasion durch Aliens auf dem Planeten Erde. Nur wenige Menschen können den ersten Angriffswellen entkommen. Die Überlebenden fragen sich, weshalb die Menschheit vernichtet werden soll und sie kommen zu der Erkenntnis, dass die Aliens sich auf dem Planeten Erde niederlassen wollen.

Von Mord und Spionage bis hin zu Terrorismus und gestohlenen U-Booten untersucht ein Team von Spezialagenten jedes Verbrechen, bei dem es sich um eine Spur von Beweisen handelt, die mit dem Personal der Navy und des Marine Corps in Verbindung stehen, unabhängig von Rang oder Position.

Die Handlung ist in einer fiktiven Welt angesiedelt und spielt auf den Kontinenten Westeros, den Sieben Königreichen sowie im Gebiet der "Mauer" und jenseits davon im Norden und Essos. In dieser Welt ist die Länge der Sommer und Winter unvorhersehbar und variabel; eine Jahreszeit kann Jahre oder sogar Jahrzehnte dauern. Der Handlungsort auf dem Kontinent Westeros in den Sieben Königreichen ähnelt dabei stark dem mittelalterlichen Europa. Die Geschichte spielt am Ende eines langen Sommers und wird in drei Handlungssträngen weitgehend parallel erzählt. In den Sieben Königreichen bauen sich zwischen den mächtigsten Adelshäusern des Reiches Spannungen auf, die schließlich zum offenen Thronkampf führen. Gleichzeitig droht der Wintereinbruch und es zeichnet sich eine Gefahr durch eine fremde Rasse im hohen Norden von Westeros ab. Der dritte Handlungsstrang spielt auf dem Kontinent Essos, wo Daenerys Targaryen, Mitglied der vor Jahren abgesetzten Königsfamilie, bestrebt ist, wieder an die Macht zu gelangen. Die komplexe Handlung umfasst zahlreiche Figuren und thematisiert unter anderem Politik und Machtkämpfe, Gesellschaftsverhältnisse und Religion.

In Vorausblenden wurde im Grand Central Terminal der größte Anschlag auf New York seit den Terroranschlägen am 11. September 2001 verübt. Dem FBI liegen Informationen vor, dass der Anschlag von einem der ehemaligen FBI-Rekruten aus Quantico begangen werden sollte. In Quantico befindet sich der FBI-Ausbildungsort für junge FBI-Rekruten, die sogenannten New Agents in Training (kurz NAT). Die mittlerweile FBI-Agentin gewordene Alex Parrish ist zunächst die Hauptverdächtige, doch sie beteuert ihre Unschuld.

Wir schreiben das Jahr 1858: Unter dem Kommando von Captain Inish Scull verfolgen Texas Ranger den Comanchen Kicking Wolf, der sich als Pferdedieb einen Namen gemacht hat. Als er eines Nachts Sculls Pferd klaut, macht sich der Captain zusammen mit dem Spurensucher Famous Shoes an seine Verfolgung. Die übrigen Ranger schickt Scull unter Führung von Woodrow Call und Augustus McCrae nach Austin zurück - nicht ahnend, dass die Comanchen einen gefährlichen Plan verfolgen.