In dieser Fortsetzung von "Alien Vs. Predator"? wird der Kampf der Ausserirdischen mitten in einer amerikanischen Kleinstadt ausgetragen. In den Hügeln von Colorado stürzt das Erkundungsschiff eines Predators ab, wobei Alien-Facehugger freigesetzt werden. Doch auch eine noch gefährlichere Kreatur tritt in Erscheinung: Ein Hybrid aus einem Alien und einem Predator. Selbst die herbeigerufene Nationalgarde sieht nur noch einen Ausweg: Die Auslöschung der Stadt mit einer nuklearen Bombe! Die unbedarften Bürger müssen sich gegen die übermächtigen Gegner verbünden, um wenigstens eine kleine Überlebenschance zu haben.

Eine Gruppe von Archäologen und Wissenschaftlern angeführt vom Millionär Charles Weyland begibt sich in die Antarktis. Sie vermuten im Eis ein antike Tempelanlage, die noch älter ist als die Pyramiden von Ägypten. In den Ruinen vorgedrungen, entdeckt das Team menschliche Skelette und versteinerte Überreste von Aliens. Es stellt sich schnell heraus, dass der Ort nicht nur als Brutstätte für Alien-Eier dient, sondern auch als Arena für junge Predators...

200 Jahre nach ihrem Tod wird Ellen Ripley von skrupellosen Militär-Wissenschaftlern an Bord des terranischen Raumkreuzers U.S.M. Auriga wieder zum Leben erweckt: In einer Testreihe werden die Gene ihrer Überreste so oft geklont, bis es gelingt, sie und die Alien-Königin in ihrem Körper lebensfähig zu halten. Wider Erwarten überlebt sie den Eingriff, bei dem die Königin operativ aus dem Körper entfernt wird. Die Wissenschaftler wollen die xenomorphen Aliens für den militärischen Einsatz weiterzüchten. Zu diesem Zweck benötigen sie Wirtskörper, die ihnen von Weltraumpiraten in Form von entführten Kolonisten geliefert werden. Bald schon schlüpfen die ersten Aliens, die in vermeintlich ausbruchsicheren Käfigen untergebracht werden.

Der fremde Planet, den die Crew des Kolonisationsraumschiffs Covenant erforscht, wirkt paradiesisch: Doch als die Terraforming-Spezialistin Daniels und ihre Kollegen, darunter der Android Walter, Christopher und Tennessee, durch die bergige, bewaldete Landschaft laufen, fällt ihnen vor allem die merkwürdige, beunruhigende Stille auf: Kein Vogel ist zu hören - und auch kein anderes Tier. Bald schon merken die Entdecker, dass sie auf einem Planeten gelandet sind, der lebensfeindlicher kaum sein könnte. Blitzschnelle, hochintelligente und Säure-spritzende Aliens überfallen die Covenant-Crew, töten ein Mitglied nach dem anderen. Und dem Rest der Gruppe wird klar: So weit weg von der Heimat sind sie komplett auf sich allein gestellt...

Da große Bereiche der USA durch die Folgen der globalen Erwärmung unbewohnbar geworden sind, müssen Teile der Bevölkerung zwangsumgesiedelt werden. Um diese gewaltige logistische Herausforderung zu bewältigen, hat die Regierung das "Humanity Bureau" ins Leben gerufen, in dem objektiv und rücksichtslos entschieden werden soll, wer dem Allgemeinwohl am wenigsten nützt. Diese ausgewählten Menschen müssen dann in die Kolonie "New Eden" umsiedeln, wo all diejenigen ihr Dasein fristen, die als entbehrlich für die Gesellschaft betrachtet werden. Auch die alleinerziehende Mutter Rachel Weller (Sarah Lind) und ihr kleiner Sohn Lucas (Jakob Davies) sollen nach "New Eden" abgeschoben werden, doch damit will sich Rachel nicht abfinden und so protestiert sie bei ihrem Sachbearbeiter Noah Kross (Nicolas Cage).

Die Federal Reserve Bank in Downtown L.A. ist eine wahre Festung. Wer auch nur daran denkt, hier einzubrechen, ist entweder komplett verrückt - oder ein knallharter Profi. Genau deshalb plant der Anführer einer Gruppe von Bankräubern dort zuzuschlagen, wo es niemand erwarten würde - und die Federal Reserve vor den Augen der Polizei leerzuräumen. Doch der skrupellose Elite-Cop Nick Flanagan hat bereits die Spur der Gruppe aufgenommen. Auf seiner Mission, die Bande zu unterwandern und zu stoppen, nimmt Flanagan keine Rücksickt auf das Gesetz.

Der Ausnahmezustand wird in New York ausgerufen, denn der US-Bundesstaat Texas möchte sich vom Rest des Landes abspalten und greift deshalb die Metropole an der Ostküste an. Die 20-jährige Lucy (Brittany Snow) ist gerade unterwegs, als der Angriff der Texaner voll einschlägt und vermummte Soldaten in den Straßen für ein heilloses Chaos sorgen. In dem Durcheinander trifft sie auf den Kriegsveteranen Stupe (Dave Bautista), der ihr beim Überlebenskampf zur Seite steht. Gemeinsam wollen sie zu Lucys Großmutter durchdringen - aber zwischen ihnen liegen fünf Häuserblocks voller schwer bewaffneter Milizen, Eindringlingen und Plünderern, die den Weg zu einer wahren Zerreißprobe werden lassen. Und einen anderen Weg gibt es nicht. Lucy und Stupe bleibt nichts anderes übrig, als die Waffen zu zücken und zu hoffen, dass sie da heil wieder rauskommen...

Nach der ersten Begegnung Ripleys mit dem Alien sind 57 Jahre vergangen. Ziellos treibt sie sich immernoch im Kälteschlaf befindlich durchs All. Zufällig wird sie entdeckt und wieder zurück zur Erde gebracht. Ihren Berichten über die Ereignisse mit dem Alien wird zunächst wenig Glauben geschenkt, doch als der Kontakt zu dem mittlweile bevölkerten, aus dem ersten Teil bekannten Planeten abbricht, wird Ripley gebeten zusammen mit einem Trupp Space-Marines nach dem Rechten zu sehen. Sie kommen zu spät - die komplette Kolonie wurde von den Aliens überrannt und das Einsatzteam muss es mit der Übermacht aufnehmen...

Nachdem Ellen Ripley, die kleine Newt, Soldat Hicks und der Android Bishop von LV 426 entkommen sind und sich mit dem Raumschiff USS Sulaco auf dem Rückweg zur Erde befinden, bricht wegen des säurehaltigen Blutes eines Facehuggers ("Gesichtsumklammerer") auf einem Zwischendeck ein Feuer aus. Eine Rettungskapsel wird abgesprengt und macht auf dem Planeten Fiorina "Fury" 161, auf dem sich nur eine Strafkolonie befindet, eine Bruchlandung. Corporal Hicks und Newt sterben bei dem Aufprall bzw. durch Ertrinken, der Android Bishop ist nicht mehr funktionsfähig. Neben Ripley überlebt die Landung nur ein Facehugger, der sich in einem Rottweiler schnell einen neuen Wirt sucht. Das kurz darauf neugeborene Alien beginnt bald die Strafgefangenen zu dezimieren.

Die Besatzung des Weltraumfrachters Nostromo - darunter der dritte Offizier Ellen Ripley - befindet sich im künstlichen Tiefschlaf. Plötzlich empfängt ihr Schiff ein SOS-Signal. Der Bordcomputer weckt daraufhin die Mannschaft, die der Hilferuf wenig später auf einen unwirtlichen Planten führt. Dabei entdeckt die Crew das Wrack eines außerirdischen Raumschiffs. Ein Crewmitglied wird dabei von einem Alien angegriffen, das sich auf seinem Gesicht festsaugt. Dem Schiffsarzt Ash gelingt zwar die Entfernung des fremden Organismus, doch das außerirdische Wesen ist damit längst nicht besiegt. In der Enge des Raumfrachters beginnt ein Kampf ums Überleben, bei der Feind nahezu unsichtbar, heimtückisch und äußerst tödlich ist...