Der Student Lewis Thomas hat gerade Semesterferien und erfährt von seiner Jugendliebe Venna, dass sie soeben mit ihrem Freund Schluss gemacht hat. Also macht er sich auf, sie abzuholen und mit ihr in ihre Heimat zu fahren. Auf dem Weg zu ihr erfährt er von seiner Mutter, dass sein Bruder Fuller aus dem Gefängnis entlassen wird und holt ihn deswegen zunächst ab. Zusammen verarschen sie dann auf der Fahrt einen anderen LKW-Fahrer namens Rusty Nail per Funk und gaukeln ihm vor, sie seien eine schöne Frau und wollen sich mit ihm in einem Motelzimmer treffen. Im Motel angekommen, mieten sie sich ein Zimmer direkt neben dem, für das sie sich verabredet hatten. Am nächsten Tag erfahren sie, dass der Mann, der in dem Zimmer nebenan geschlafen hat, auf brutale Weise umgebracht wurde und bekommen es mit der Angst zu tun.

In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...

400 Jahre in der Zukunft, genauer im Jahre 2415, ist Æon Flux eine mysteriöse Attentäterin. Vier Jahrhunderte nach einem Virus, der fast die gesamte menschliche Rasse ausgelöscht hat, leben 5 Millionen Menschen in einer utopischen Stadt genannt Bregna. Æon kämpft um das Goodchild Regime zu vernichten, dass von ihrem Namensvetter und Herrschers von Bregna, Trevor Goodchild angeführt wird. Æon versucht Trevor Goodchild zu töten, doch kurz bevor offenbaren sich weitere Geheimnisse die entdeckt werden müssen und Verschwörungen die vereitelt werden müssen.

Als seine krebskranke Geliebte Ann nur noch durch eine teure Spezialbehandlung gerettet werden kann, leert Polizeichef Whitlock den mit Drogendollars gefüllten Reviertresor und übergibt ihr das Geld. Doch am nächsten Tag sind Ann und ihr Ehemann tot - ermordet von jemandem, den Whitlock schnellstens ausfindig machen muss. Schließlich ist seine Noch-Ehefrau mit den Ermittlungen betraut und darf nichts von der ganzen Sache erfahren. Zudem muss Whitlock das FBI in Schach halten, die das sichergestellte Drogengeld abholen wollen.